Luật Nghiệp Thành trả lời câu hỏi của bạn như sau:
Ý bạn đang muốn hỏi là công ty bạn có được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu từ trong giai đoạn đầu tư không. Nhưng trước hết phải xác định công ty của bạn có phải là đối tượng được hoàn thuế không, tiếp theo ta mới xác định trường hợp để được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Ở đây chúng tôi sẽ nêu ra cụ thể từng trường hợp là công ty bạn phải đáp ứng thì mới được hoàn thuế GTGT theo quy định.
Thứ nhất, chúng tôi xin nêu điều kiện để xác định công ty bạn có là đối tượng được hoàn thuế GTGT không.
Có 2 trường hợp cụ thể:
TH1: Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ
Công ty bạn nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì công ty bạn cũng được hoàn thuế.
(Căn cứ Điều 1.3 Thông tư 130/2016/TT-BTC và Điều 18.1 Thông tư 219/2013/TT-BTC)
TH2: Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư (tức công ty bạn mới được thành lập từ dự án đầu tư)
Công ty bạn đã phải đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế. (Căn cứ Điều 1.3 Thông tư 130/2016/TT-BTC)
Thứ hai, đây là trường hợp được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư
Trường hợp 1: Công ty đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) cùng tỉnh, thành phố, đang trong giai đoạn đầu tư. doanh nghiệp thực hiện kê khai riêng đối với dự án đầu tư và phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp trong kỳ:
+ Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đó.
+ Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mà chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo. (Căn cứ Điều 1.3 Thông tư 130/2016/TT-BTC)
Trường hợp 2: Trường hợp doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư  (trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định) tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì doanh nghiệp lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư đồng thời phải kết chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư để bù trừ với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Số thuế GTGT được kết chuyển của dự án đầu tư tối đa bằng số thuế GTGT phải nộp trong kỳ.
+ Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
+ Sau khi bù trừ nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới chưa được khấu trừ hết nhỏ hơn 300 triệu đồng thì kết chuyển vào số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư của kỳ kê khai tiếp theo.
+ Trường hợp trong kỳ kê khai, doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh chưa được khấu trừ hết và số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư mới thì doanh nghiệp được hoàn thuế theo quy định.
(Căn cứ Điều 1.3 Thông tư 130/2016/TT-BTC)
Mong thông tin sẽ hữu ích với bạn.

Luật sư cho e hỏi: Công ty e là công ty 100% vốn đầu tư từ nước ngoài. Có dự án đầu tư trên lô đất dịch vụ nằm trong khu công nghiệp. Mục tiêu dự án là Xây văn phòng cho thuê, khách sạn lưu trú ngắn ngày, nhà hàng. Vậy công ty e có được hoàn thuế giai đoạn đầu tư không ạ?
Em xin cảm ơn

Cảm ơn bạn đọc đã phản hồi tới Luật Nghiệp Thành.